La Sistemática y su lugar como ciencia

La taxonomía como ciencia se identifica con las no experimentales o históricas, como la astronomia. Evidentemente el dominio empirico de la sistematica es la diversidad biologica. Ontologicamente, ¿como concebimos a la biodiversidad? ¿como pueden concebirse los grupos como unidades de la biota? ¿Es la biodiversidad el resultado del proceso evolutivo? Si así es, entonces podemos presuponer que existe un orden natural establecido por relaciones de ascendencia-descendencia (filogenia); consecuentemente se presupone también que existe una sola filogenia de la vida (ancestría común). Tal escenario ontologico es muy complejo e implica que los grupos biológicos como elementos de la diversidad biológica también son naturales (monofilesis) y están conectados entre sí por relaciones genealógicas.
Epistemologicamente, ¿como obtenemos conocimiento de la filogenia? ¿Cuales son las hipótesis? Las hipótesis consisten en explicaciones de la variación de caracteres y de la existencia de grupos monofileticos. La distribución empírica de las similitudes tiene una base genealógica y se transmiten jerarquicamente (homología). De manera que los patrones anidados de similitudes reflejan el patrón de relaciones genealógicas. Metodologicamente, ¿cómo clasificar la diversidad biológica? ¿que tipo de información pueden usarse? Si las relaciones ancestro-descendiente existen como resultado del proceso evolutivo, y si existe una estructura natural de hermandad entre los descendientes de un ancestro comun, entonces deben utilizarse métodos que permitan descubrir esos grupos genealógicos mediante reconstruir las relaciones de hermandad. Esto nos lleva a formular ¿como se detectan las relaciones genealógicas? Las respuestas constituyen una colección amplia de métodos para la formacion de grupos. Estos a su vez dependen del cuestionamiento fundamental ¿cómo son las relaciones genealógicas?
La alternativa positivista considera que la filogenia no es verificable o comprobable, por lo que cualquier hipótesis filogenética califica como especulacion no necesaria y "no científica". Unicamente tenemos acceso al dominio de las similitudes (empiricismo puro). Las clasificaciones solo deben basarse en el patrón de similitudes. Las hipotesis de filogenia son generalizaciones inductivas solo justificadas en la acumulacion de observaciones y son posibles despues de la construccion de grupos jerarquicos.
La alternativa racionalista propone que la filogenia puede reconstruirse en calidad de hipotesis historica. Las hipótesis filogenéticas pueden refutarse y por lo tanto califican como "científicas". Aunque no tenemos acceso al dominio de la historia filogenética, las similitudes pueden ser vistas (interpretarse en función de la teoría evolutiva) como evidencia de historia común (inferencias de homología). Las clasificaciones (hipótesis de grupos naturales) pueden basarse en el patrón de homologías. La formacion de grupos taxonomicos naturales solo es factible despues de reconstruir la filogenia.