La comunidad científica ha convenido que ordenar y nombrar la diversidad de formas de vida requiere de un sistema limitado y estable de siete categorías básicas para colocar grupos de organismos dentro de otros grupos principales. Estos grupos o linajes se conocen como taxa (en latín; taxon en singular). La primera vez que se aplicaron consistentemente estas categorías taxonómicas es la obra "Systema Naturae" de Carlos Linneo (naturalista sueco, 1707-1778). Su sistema de rangos contenía especies agrupadas en géneros, ordenes y clases.
En los sistemas de clasificacion modernos, las especies se agrupan todavía en géneros y sucesivamente en grupos taxonómicos más grandes denominados familias, ordenes, clases y divisiones. Las divisiones también se designan Phyla (Phylum en singular). La categoría de mayor nivel en la jerarquía taxonómica es el grupo de divisiones y se denomina Reino. En algunos casos, la estructura taxonómica de siete categorías se ha expandido para acomodar niveles intermedios que se designan con los prefijos Sub- o Super- dependiendo del nivel. Por ejemplo podemos encontrar subfamilias, superordenes y subreinos, entre otros.
A partir de Linneo se aceptó que la categoría taxonómica más básica es la especie. La palabra "especie" deriva del latín "species" y significa "tipo" o "clase". Desde Aristóteles (384-322 a/c), Teofrasto (griego, 370-285 a/c), hasta Andrés Cesalpini (italiano, 1524-1603) en la Edad Media, se entendía que grupos de organismos morfológicamente distintos debían ser reconocidos al nivel de especie. Para el tiempo de John Ray (botánico ingles, 1627-1705) ya se conocía un número considerable de especies de plantas (unas 18,600), por lo que él vio la necesidad de definir la especie con base en las características morfológicas pero también considerando si las diferencias eran o no parte de la descendencia de la misma especie.
Parece ser que fue Ray quien estableció este principio de la relación reproductiva como método para reconocer si dos grupos de organismos distintos deberían ser reconocidos y nombrados como dos o solo una especie (Raven y Mertens, 1974). Gradualmente se llegó a la conclusión de que las partes reproductivas eran las características morfológicas más importantes en la clasificación de las especies. Ray mismo en sus tres volúmenes de la "Historia generalis plantarum" (1686-1704) fundamentó su clasificación en las características de los frutos y semillas. Mas tarde, Linneo en su obra "Systema Naturae" (1758) tomó como criterio las observaciones de la variación de la flor para clasificar unas 7,000 especies vegetales.
El concepto de especie como unidad de la clasificación, a partir de 1930, fue agregando elementos del desarrollo de la genética de poblaciones y heredabilidad de características en ambientes controlados. La especie entonces se concibió también como la unidad evolutiva en la teoría sintética de la evolución o neodarwinismo. La regla práctica de Ray se transformó en lo que Ernest Mayr (biólogo alemán, 1904-) y George Simpson (biólogo estadounidense, 1902- ) postularon como el concepto biológico de especie: el grupo de organismos que poseen características semejantes, son capaces de fecundarse entre si y que tienen descendencia fértil.
A su vez, en medio de otro cambio conceptual (teoría filogenética o cladismo) en la sistemática biológica iniciado por Willi Hennig (biólogo alemán, 1913-1976) la especie ha pasado actualmente a concebirse como un grupo o linaje de organismos conectados por su ancestria o filogenia común (concepto filogenético de especie). Las diferencias entre especies deben ser características cuya variación es heredada y transmitida a los descendientes. El aislamiento reproductivo mantiene la separación de especies pero ya no es el criterio de agrupación. El grupo como linaje al nivel de especie se reconoce entonces por las características poseídas solo por organismos filogenéticamente conectados (sinapomorfias, Mishler y De Luna, 1997).
Además de la especie, la del Reino es una de las categorías más importantes entre los siete niveles taxonómicos. Los Reinos son la categoría taxonómica más inclusiva y su agrupación denota nuestro entendimiento actual sobre los linajes principales de la vida. Desde el tiempo de Aristóteles, Linneo y hasta el siglo XIX ya se dividía a los seres vivos en dos Reinos: plantas y animales. Ernest Haeckel (naturalista alemán, 1834-1919) separó y propuso el Reino Protista (o Protoctista) para un tercer grupo ya conocido de microorganismos. En 1937, el biólogo marino francés Edouard Chatton sugirió los términos "procariotique" y "eucariotique", para señalar la distinción fundamental en la estructura celular de los seres vivos. Esa observación es ahora el fundamento de la clasificación de un cuarto grupo, el Reino Monera (o Prokaryotae).
La base para reconocer los cinco Reinos actuales han sido las características de la estructura celular y la presencia de núcleo, el grado de diferenciación celular y tejidos, los modos de nutrición (autótrofos, heterótrofos) y la fisiología de la producción de energía (quimiosíntesis y fotosíntesis).
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