Además del sistema de siete rangos, la nomenclatura científica es el otro elemento organizador de la clasificación biológica. La comunidad taxonómica mundial ha convenido que los nombres de todos los organismos desde el rango de especie hasta Reino se denominen en latín. Esta costumbre se originó cuando Carlos Linneo en 1758 enlistó y describió en latín un compendio mundial en dos volúmenes (Systema Naturae) de las especies de plantas y animales conocidas en ese tiempo.
Las dos primeras palabras en los párrafos de las descripciones de Linneo se tomaron como el nombre científico de las especies. Por ejemplo, los nombres científicos del chile, maíz y frijol son, respectivamente: Capsicum annuum, Zea mays y Phaseolus vulgaris. Esto es lo que se conoce como el sistema binomial de nomenclatura taxonómica. Ya desde los compendios de plantas de Joachim Jung (1587-1657) se había introducido la nomenclatura binomial, pero fue desarrollada y aplicada consistentemente para todos los seres vivos hasta la obra citada de Linneo. Desde entonces, el establecimiento de nuevos nombres para especies recién descubiertas se regula por este sistema. Los procedimientos detallados se publican en códigos internacionales de nomenclatura.
Aunque se nombra cada especie con dos términos, los nombres científicos de los grupos en las otras seis categorías taxonómicas no son binomiales. Actualmente, el género se nombra usando el primer término del binomio de la especie. Por ejemplo, el musgo común que muchos usan en Diciembre para adornar la base en la representación del tradicional "Nacimiento" muy probablemente es la especie Thuidium delicatulum. De este binomio se desprende que el nombre del género es Thuidium.
El nombre de la familia y los demás grupos (taxa) superiores (excepto el de los Reinos) siempre se derivan de un nombre genérico particular. En el caso del musgo en cuestión, esta especie pertenece a la familia Thuidiaceae, cuyo nombre precisamente se deriva del nombre del género. La familia se clasifica en el Orden Hypnales, cuyo nombre es tomado de Hypnum, otro género de musgos. El Orden pertenece a la Clase Bryopsida, en la División Bryophyta. Ambos nombres se derivan del nombre genérico Bryum.
El nombre del Reino que incluye a los musgos y todas la plantas es Chlorobiota, aunque en un tiempo a este grupo también se le llamo Plantae o Metaphyta. El punto a resaltar con este ejemplo es que en todos los organismos, el binomio de cada especie deja implícito el género al que pertenece. No obstante, los nombres de la familia y los demás grupos taxonómicos donde se clasifica una especie en particular ya no son tan obvios. Estos nombres se presentan jerárquicamente en las clasificaciones particulares para cada División en libros especializados, por ejemplo de bacteriología, protozoología, mastozoología, ficología, briología, etc.
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