tag:blogger.com,1999:blog-38926131222013615792011-12-14T10:48:53.992-06:00Efraín De Lunanoreply@blogger.comBlogger271100tag:blogger.com,1999:blog-3892613122201361579.post-50862353297651006772011-10-26T15:25:00.002-05:002011-10-27T10:30:19.088-05:00

Consistencia de los métodos de reconstrucción filogenética.El grado de credibilidad de las hipótesis puede evaluarse si se disciernen las fuentes de incertidumbre o desconfianza. Por ejemplo, los tipos de “errores locales” que cuestionan la credibilidad de los datos debido a descripciones o mediciones equivocadas de los caracteres y estados (Patterson & Johnson, 1997) tienen un impacto diferente

Efraín De Lunanoreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-3892613122201361579.post-62518563330603824262011-10-26T15:23:00.004-05:002011-10-26T15:30:18.255-05:00

La existencia o no de diferentes posturas epistemológicas de los diversos enfoques metodológicos no es tan evidente. Esto es particularmente peligroso ante el aumento en la diversidad de métodos de obtención y manejo de caracteres, en la selección de los modelos y las estrategias de búsqueda de hipótesis. Varios programas de cómputo se han desarrollado a la par del desarrollo teórico de los

Efraín De Lunanoreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-3892613122201361579.post-82078076361017995922011-10-26T15:20:00.004-05:002011-10-26T15:22:25.087-05:00

Exploración del espacio y selección de árboles óptimos. Entre los avances teóricos y metodológicos más notables destacan las estrategias dirigidas para la estimación y la selección de topologías óptimas. Uno de los problemas de estimación filogenética es que, independientemente de la existencia de datos y los modelos de cambio, para cada colección de unidades de estudio (OTU’s) existe un conjunto

Efraín De Lunanoreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-3892613122201361579.post-55279621611945667882011-10-26T15:16:00.002-05:002011-10-26T15:18:56.985-05:00

Métodos de Parsimonia.El criterio de parsimonia permite el examen lógico de la congruencia entre cada columna de la matriz de datos y revela la colección máxima de hipótesis de homología táxica y transformacional (De Luna, 1996; Farris, 1983; Kitching et al., 1998). La interacción lógica de varias similitudes particulares (columnas en la matriz de datos) congruentes entre si, selecciona el

Efraín De Lunanoreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-3892613122201361579.post-25510478114001978812011-10-26T15:11:00.003-05:002011-10-26T15:15:17.141-05:00

Cualquiera que sea la naturaleza de los datos, morfológicos o moleculares, las observaciones por sí solas no seleccionan directamente una topología, sino que debe aplicarse algún modelo de cambio entre estados para elegir entre las hipótesis (topologías) alternativas (Farris, 1983; Sober, 1988; Steel & Penny, 2000; Posada, 2003). La interacción epistemológica entre datos, modelos e hipótesis en

Efraín De Lunanoreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-3892613122201361579.post-5020717755104391412011-10-20T11:24:00.000-05:002011-10-20T11:25:07.467-05:00

¿La Sistemática: por qué Filogenética?¿Por qué escoger un enfoque filogenético para la taxonomía? El campo de la sistemática atravezó por una revolución conceptual durante las décadas de 1970 y 1980. Esta historia ha sido relatada por Hull (1988). En los años recientes ya se ha percibido ampliamente la importancia central de la reconstrucción filogenética en sistemática, ecología y biología

Efraín De Lunanoreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-3892613122201361579.post-82991214633312936972011-10-20T11:11:00.002-05:002011-10-26T15:04:04.235-05:00

Que es Homologia?Homologia como concepto. En el plano ontológico, homologia es un fenómeno que relaciona dos o más partes o procesos de organismos a un nivel particular en la jerarquía de la organización biológica. Cuando las partes o procesos se hipotetizan como "homólogas" se implica que la existencia de tales entidades discretas es causada por la manifestación del fenomeno "homología". La

Efraín De Lunanoreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-3892613122201361579.post-30888342894247300912009-10-23T16:42:00.002-05:002011-10-26T14:57:24.736-05:00

Cuando hablamos de análisis de secuencias génicas normalmente consideramos como un paso esencial y primordial el alineamiento y después la ejecución de la hipótesis filogenética. Este procedimiento parte del hecho de que durante el alineamiento postulamos las hipótesis de homología primaria (De Pinna, 1991). Una vez que tenemos el alineamiento tales hipótesis se ponen a prueba mediante el

Denebhttp://www.blogger.com/profile/12291642995049622009noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-3892613122201361579.post-62291875520545463082009-01-22T12:20:00.000-06:002009-01-22T12:26:49.413-06:00

Además del sistema de siete rangos, la nomenclatura científica es el otro elemento organizador de la clasificación biológica. La comunidad taxonómica mundial ha convenido que los nombres de todos los organismos desde el rango de especie hasta Reino se denominen en latín. Esta costumbre se originó cuando Carlos Linneo en 1758 enlistó y describió en latín un compendio mundial en dos volúmenes (

Efraín De Lunanoreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-3892613122201361579.post-72681361293142333362009-01-22T12:00:00.002-06:002009-01-22T12:36:09.593-06:00

La difusión del conocimiento taxonómico de las exploraciones y de las clasificaciones se ha canalizado en medios convencionales como artículos científicos y monografías con descripciones detalladas de los organismos, mapas de su localización e ilustraciones y fotografías. Por ejemplo, el Instituto de Ecologia ha publicado en los pasados 25 años la serie Flora de Veracruz, donde fascículo a

Efraín De Lunanoreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-3892613122201361579.post-39193303113797931862009-01-22T11:56:00.003-06:002011-10-26T14:43:35.134-05:00

El componente histórico de la biodiversidad es la base para la clasificación.Clasificar consiste en agrupar organismos en especies y estas a su vez en otros grupos taxonómicos mayores. Esta tarea requiere entender la historia de las especies y como se relacionan entre si (filogenia). Estas deducciones derivan del examen minucioso de la variación de características (morfologia, secuencias del ADN)

Efraín De Lunanoreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-3892613122201361579.post-83771034107174942842009-01-22T11:55:00.001-06:002009-01-22T12:26:49.413-06:00

El descubrimiento de especies ha estado a cargo de exploradores de selvas, montañas y desiertos. Las muestras recolectadas en todo el mundo se han acumulado y conservado para nuestro aprecio y educación en varios herbarios y museos. Por ejemplo, la colección de plantas del Instituto de Ecología (Xalapa) asciende a unas 280,000 muestras, principalmente de las áreas tropicales de México. La

Efraín De Lunanoreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-3892613122201361579.post-68985146861762777942009-01-21T16:04:00.005-06:002009-01-22T12:27:25.728-06:00

La comunidad científica ha convenido que ordenar y nombrar la diversidad de formas de vida requiere de un sistema limitado y estable de siete categorías básicas para colocar grupos de organismos dentro de otros grupos principales. Estos grupos o linajes se conocen como taxa (en latín; taxon en singular). La primera vez que se aplicaron consistentemente estas categorías taxonómicas es la obra "

Efraín De Lunanoreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-3892613122201361579.post-89878807793384950492009-01-21T16:03:00.003-06:002011-10-26T15:08:43.043-05:00

El conocimiento biológico está firmemente ligado a la clasificación. El estudio de hechos biológicos depende de un sistema de clasificación y nombres como marco de referencia para ubicar, relacionar y comparar la información. Solo así tiene sentido educativo comparar la estructura celular; las funciones de nutrición, crecimiento, regulación hormonal; así como la respiración, la circulación y la

Efraín De Lunanoreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-3892613122201361579.post-33514802924343150672009-01-21T16:02:00.004-06:002009-01-22T12:29:11.944-06:00

El entendimiento actual de la clasificación biológica ha sido posible gracias al trabajo de muchos biólogos y taxónomos en cada una de las tres áreas descritas antes: la exploración, la clasificación y la difusión del conocimiento taxonómico. La segunda área, la integración y análisis de la información disponible para la construcción del sistema de clasificación, consiste a su vez en tres

Efraín De Lunanoreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-3892613122201361579.post-27820989916602876662009-01-21T15:59:00.005-06:002011-10-26T15:09:55.175-05:00

Nuestra habilidad para convivir de manera satisfactoria con los millones de especies que habitan el Planeta depende del conocimiento que tenemos de ellas. Este comienza con nuestro entendimiento de cuantas especies existen, dónde se distribuyen, cuáles son sus características morfológicas, bioquímicas o genéticas y cómo su existencia particular se relaciona histórica y ecológicamente con otras

Efraín De Lunanoreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-3892613122201361579.post-82365853060781328142009-01-14T15:36:00.002-06:002011-10-26T14:51:44.910-05:00

Metodos pre-darwinianos.La secuencia de aparicion de metodos para la clasificacion biologica puede iniciarse con los intentos pre-darwinianos desde Aristoteles hasta Linneo. Este primer periodo se caracteriza por un enfoque tipologico y esencialista.Metodos post-darwinianos.El periodo de influencia darwiniana introdujo la interpretacion de la variacion de caracteres asociada al concepto de

Efraín De Lunanoreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-3892613122201361579.post-67888164934185811122009-01-14T15:34:00.000-06:002009-01-14T15:35:31.034-06:00

La taxonomía como ciencia se identifica con las no experimentales o históricas, como la astronomia. Evidentemente el dominio empirico de la sistematica es la diversidad biologica. Ontologicamente, ¿como concebimos a la biodiversidad? ¿como pueden concebirse los grupos como unidades de la biota? ¿Es la biodiversidad el resultado del proceso evolutivo? Si así es, entonces podemos presuponer que

Efraín De Lunanoreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-3892613122201361579.post-36025561689477843902009-01-14T15:28:00.003-06:002011-10-26T14:58:23.310-05:00

Como investigamos las homologias? ¿como analizamos las similitudes? ¿como detectar las homologías?En el plano epistemológico "homología" es la correspondencia que existe entre dos o mas rasgos de los organismos. No es una relación directamente observable sino que la homologia se detecta como resultado de un método de análisis inferencial.Este marco teórico permite reconocer a las hipótesis de

Efraín De Lunanoreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-3892613122201361579.post-4328464126488349812009-01-14T15:27:00.002-06:002011-10-26T15:04:43.312-05:00

Que es Homología?En el plano ontológico, homología es un fenómeno que relaciona dos o más partes o procesos de organismos a un nivel particular en la jerarquía de la organización biológica.Cuando dos partes o procesos se hipotetizan como "homólogas" se implica que la existencia de tales entidades discretas es causada por la manifestación del fenómeno "homología". La relación entre esas entidades

Efraín De Lunanoreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-3892613122201361579.post-29156420288820420472009-01-14T15:12:00.002-06:002009-01-22T12:33:29.918-06:00

Que es la sistemática?Estas son algunas citas textuales."The study of organismic diversity as that diversity is relevant to some specified kind of relationship thought to exist… "Wiley, EO.1981. Phylogenetics, J.Wiley & Sons."The field concerned with the study of diversity of plants and their identification, namimg, classification, and evolution"Jones, SB & AE Luchsinger, 1986, Plant Systematics.

Efraín De Lunanoreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-3892613122201361579.post-36996709396755120852008-06-06T16:04:00.003-05:002009-01-22T12:31:08.074-06:00

En términos generales, la sistemática es el estudio comparativo de la diversidad de organismos fósiles y vivientes, por ejemplo especies, e incluye su descubrimiento, descripción, distribución y reconstrucción de las relaciones filogenéticas que comparten como linajes. A partir de esta información, se producen clasificaciones científicas que son el fundamento para organizar el resto del

Efraín De Lunanoreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-3892613122201361579.post-9037590479365924452008-01-14T11:40:00.004-06:002011-10-26T15:32:28.413-05:00

Niveles de homología.En la complejidad de los varios niveles estructurales se pueden descubrir varios tipos de correspondencia. Cada nivel de relacion se detecta con metodos apropiados al plano empirico particular.Homologia molecular. Correspondencia que existe de secuencia a secuencia por compartir la mismas porciones iniciadoras, dominios codificadores y codon terminal comun.Homologia genetica.

Efraín De Lunanoreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-3892613122201361579.post-39516226222231568982008-01-14T11:30:00.003-06:002011-10-26T14:29:50.504-05:00

Que es el análisis de caracteres?La filogenia como fenómeno histórico, único e irrepetible escapa al examen experimental clásico y al objetivismo positivista. Entonces, ¿como postular y evaluar las hipótesis de caracteres, homologia y grupos filogeneticos?El análisis de caracteres se basa en el examen de los conceptos y métodos que guían la elaboración de un sistema de hipótesis sobre caracteres

Efraín De Lunanoreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-3892613122201361579.post-71997687771143775662008-01-14T11:25:00.003-06:002011-10-26T14:42:12.296-05:00

¿Qué es Parsimonia?Parsimonia es simplicidad o economía. Su uso en la ciencia se ubica en tres contextos: como concepto (ontología), como regla de decision (epistemología) y como medida de simplicidad.Ontología.Parsimonia como concepto presupone que "el dominio X es simple". En contraste, uno puede configurar la abstracción alternativa: "el dominio X es muy complejo".Epistemología.Parsimonia es

Efraín De Lunanoreply@blogger.com1tag:blogger.com,1999:blog-3892613122201361579.post-74646454079492470192008-01-14T11:22:00.001-06:002011-10-26T15:08:01.498-05:00

La sistemática se ha convertido en un área de gran importancia para la biología moderna. En los estudios de biodiversidad, cada vez es más común encontrar cladogramas como mecanismo de deducción o comparación de hipótesis sobre la historia de diversos atributos, funciones, o de los procesos genéticos y evolutivos. Por ejemplo, los estudios sobre el origen de la semilla, la evolución del

Efraín De Lunanoreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-3892613122201361579.post-90001937325785306962007-05-19T16:51:00.001-05:002008-02-26T15:02:17.669-06:00

Como recurso educativo, este espacio permitirá la publicación de textos sobre temas, conceptos métodos y aplicaciones realcionados con la cladística. Como ejemplos hay unos cuantos ya disponibles aqui.Las contribuciones son libres! Todos los interesados podrán contribuir. También son bienvenidos los ensayos estudiantiles que usualmente son requeridos como parte de los cursos de programas de

Efraín De Lunanoreply@blogger.com0